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En Allemagne, le nombre d'universités privées a doublé au cours des deux dernières décennies, pour atteindre le nombre de 115, et le nombre d'étudiants a quadruplé. Ces établissements sont financés par diverses sources, notamment des entreprises et des fonds familiaux. Bien que les universités affirment que leur indépendance académique reste intacte, des craintes liées à la transparence se font entendre. Transparency International met en garde contre l'influence potentielle des entreprises sur la recherche par le biais de financements, et exige une plus grande transparence pour préserver l'intégrité académique.

À la surprise générale, le président de l’université Johannes Gutenberg de Mayence, en Allemagne, a annoncé cette semaine vouloir revoir les contrats régissant l’utilisation d’un don d’une fondation philanthropique d’un montant de 150 millions d’euros. Pour ses détracteurs, cet accord donne au bailleur de fonds trop de pouvoir sur les décisions de publication et la nomination des enseignants au sein de l’institut de biologie moléculaire à la création duquel cette fondation a participé, en 2009. Ce changement de pied, qui pourrait rejaillir sur d’autres accords de financement dans d’autres établissements allemands, ne satisfait qu’en partie ceux qui dénoncent l’accord, partisans d’une transparence accrue, dans les universités comme du côté des donateurs.