Un número de altos funcionarios del Cabo Oriental han sido acusados de corrupción en relación a un programa de nutrición escolar de la provincia por R1 billón; otro caso involucra irregularidades relacionadas al suministro de infraestructuras escolares o denuncias de corrupción en el Departamento de Educación de Limpopo, por el otorgamiento de un contrato a EduSolutions. El contrato para la adquisición de libros de texto escolares en la provincia fue cancelado en 2012, después de haberse pagado millones a EduSolutions.

El informe del Sindicato Africano demuestra que al menos el 57% de las personas que se ponen en contacto con las escuelas en Malawi, pagan sobornos. Pagos informales amenazan los derechos y el bienestar de la niñez. Por ejemplo, cargos informales de parte de maestros para enseñar, y para elementos adicionales como alimentación escolar, libros, uniformes o exámenes pueden llevar particularmente a los estudiantes más pobres a que falten a la escuela. Además, la adquisición de calificaciones falsas, afectan los resultados del aprendizaje de los niños.

Según el informe emitido por el Auditor General en 2013, el Ministerio de Educación, Ciencias y Tecnología no siguió la normativa en lo referente a la adjudicación de contratos en el año revisado, violando así la Ley de Contratación Pública Nacional de 2004.

El presidente negó el pedido de las escuelas para cobrar el almuerzo de los estudiantes que participan en el programa de Educación Primaria Universal (EPU), afirmando que éste ha sido concebido para las familias pobres que no pueden asumir gastos adicionales. Además, declaró que el pago de montos innecesarios de dinero crearían barreras adicionales a la EPU, pues se añadirían a los costos ya existentes, tales como uniformes caros, libros, visitas y otros rubros.

En el marco de la política de gratuidad del Ministerio de Educación, se inicio el ciclo escolar 2009, caracterizado por la falta de útiles, refrigerios, mobiliario y algunos profesores en escuelas e instituciones públicas. Los estudiantes que ingresaron a los planteles no solo tuvieron que llevar o comprar su merienda, sino que disfrutaron de un gran recreo, pues los establecimientos carecían de los escritorios y materiales para que los pocos docentes que fueron ubicados impartieran las clases.