La Comisión Anticorrupción de Indonesia (KPK) ha detenido al rector de la Universidad de Lampung por haber recibido supuestamente 5.000 millones de dírhams (336.000 dólares) por sobornar a las familias de los estudiantes que no aprobaron los exámenes de ingreso a la universidad conocido como régimen autónomo de admisión. Según la KPK, este examen de "régimen autónomo" realizado por las universidades es vulnerable al soborno debido a la falta de transparencia y de lineamientos específicos del Ministerio de Educación, lo que deja a las universidades estatales sin supervisión.

Una encuesta realizada en 2021 por el Ministerio de Educación y Cultura reveló que el 77% de los profesores de Indonesia admitieron que se habían producido casos de acoso sexual en sus universidades, pero el 63% decidió no denunciar los casos a la policía o a otras instituciones pertinentes. Sólo 49 de las 122 universidades han creado grupos de trabajo contra el acoso sexual, en los que participan personal administrativo, profesores y estudiantes. Las sanciones previstas en el decreto incluyen sanciones económicas para las instituciones que no eviten la violencia sexual y el despido o la expulsión de los autores.

Un rector de la Universidad del Norte de Sumatra (USU) se ha visto implicado en cuatro denuncias de plagio: una en 2014, dos en 2017 y una en 2018 de una tesis presentada para optar a la cátedra. Este es el tercer caso de plagio en USU, tras un caso de 2013 implicando a un profesor y a otro en 2015. Ambos fueron sancionados con el retraso de la promoción y no podían ocupar ningún puesto académico ni dentro ni fuera de la universidad. El rector podría enfrentar sanciones similares si lo encuentran culpable.