Partout dans le pays, des universités ont été confrontées à des allégations d'irrégularités financières, de conflits d'intérêts et même de corruption. Contrairement aux écoles placées sous le contrôle des autorités locales, les universités sont responsables de leur propre gestion financière. Bien que cela signifie que le développement de bonnes relations de travail est essentiel, beaucoup n’ont pas mis en place un cadre approprié pour la transparence et la responsabilité. Un rapport parlementaire de 2014 a affirmé que « les conflits d'intérêts sont fréquents », ajoutant: « Il semble que le système académique manque de transparence ».

À la suite de contrôles récents, la région de Rukwa a identifié 2 408 élèves fantômes dans les écoles primaires et secondaires locales, selon les informations contenues dans les rapports de développement régional et transmises au Premier ministre en visite à Namanyere par le commissaire régional. Ce dernier a assuré le Premier ministre qu’il continuerait d’appliquer les directives du président en vérifiant soigneusement le profil des élèves inscrits dans les établissements publics primaires et secondaires de la région.

La commission d’éthique et de lutte contre la corruption (Ethics and Anti-Corruption Commission — EACC) a lancé son rapport sur le programme d’enseignement primaire gratuit, après que le ministère de l’Éducation a révélé que la plupart des écoles étaient incapables de rendre des comptes. Selon le directeur général de l’EACC, ce rapport devrait contribuer à garantir la responsabilité des établissements publics, en obligeant les directeurs à rendre compte en détail des moindres centimes d’argent public dépensés.

La plupart des écoles du pays sont incapables de justifier leurs dépenses pour acheter des manuels depuis l’introduction de l’éducation gratuite, en 2003, révèle un rapport confidentiel de l’Ethics and Anti-Corruption Commission (EACC). Le rapport pointe des failles au niveau du stockage des manuels dans les établissements publics soulignant que, dans la plupart des cas, personne ne connaît exactement le nombre d’ouvrages achetés. Malgré les allocations de l’État pour construire des espaces spécifiques, la plupart des écoles n’ont rien fait. Le rapport indique que, dans certaines écoles, une simple armoire en bois trône à cet effet dans le bureau du directeur ou de ses adjoints.

Un nouveau rapport vient de mettre à jour des irrégularités systématiques dans les appels d’offre des écoles publiques pour les manuels scolaires, dans lesquelles sont très largement impliqués les directeurs d’établissement. Ces fraudes vont de fausses signatures à la sélection d’un seul et unique fournisseur par le comité de sélection au niveau de l’école en passant par des livraisons « fantômes » et des pratiques de surfacturation. Le ministre de l’Éducation a récemment déclaré que malgré les allocations consenties par le gouvernement pour les manuels scolaires ces trois dernières années, de 10 milliards de shillings, la plupart des écoles n’en avaient pas vu la couleur. D’après ses estimations, le ratio élève/manuel ressort à 5 pour 1 dans les écoles primaires.

Le gouvernement a mis en place un nouvel organisme d'audit pour sévir contre la corruption dans les écoles. Cet organisme, qui s’appellera Direction de l'audit des écoles (DSA), sera chargé d’examiner l'utilisation des milliards de shillings envoyés aux écoles. Selon le secrétaire principal de l'Education, la DSA vérifiera les livres de comptes pour identifier les fuites dans les dépenses et fera un rapport au ministère. Les proviseurs responsables de vols ou d'utilisation abusive d’argent scolaire seront forcés d'en assumer la responsabilité.

Selon le secrétaire du Cabinet pour l’Education, le système d’audit utilisé dans les écoles du Kenya est une « grosse blague » et une grande déception. Il a accusé les vérificateurs d’être de mèche avec des directeurs d’écoles pour faire des rapports favorables même quand des sommes d’argent ont été perdues. Il a également dénoncé un usage inapproprié des versements en espèces pour l’enseignement gratuit et la distribution de manuels scolaires achetés par le gouvernement, ainsi que les insuffisances persistantes du système d’évaluation des performances des enseignants.

La semaine dernière, le ministre de l’éducation primaire et secondaire a vivement critiqué les parents ayant payé les droits d’examen d’admission dans le secondaire, disant qu’ils le faisaient à leurs risques et périls car le gouvernement a défini une date d’inscription pour toutes les écoles du pays. Il a déclaré que les examens d’entrée étaient interdits depuis longtemps par son ministère, qu’ils restaient illégaux et ne devraient pas perdurer. Les inscriptions des élèves dans le secondaire pour l’année prochaine ont commencé hier, et les parents doivent utiliser les résultats obtenus par leurs enfants en dernière année d’école primaire.

On a vu, à travers tout le pays, de nombreux parents venir à l’école pour rendre des bons permettant d’avoir gratuitement du tissu destiné aux uniformes qui n’étaient pas valables. Des parents se sont plaints également de la valeur insuffisante de ces bons qui ne leur permettaient pas d’acheter un produit de qualité au prix spécifié. C’est dans ce contexte que plusieurs associations de professeurs et proviseurs ont tenu une réunion avec les médias à Colombo, soulignant le fait que ce nouveau système de bons a posé problème aux enseignants, aux parents et aux élèves

L’audit actuel du gouvernement sur les écoles du pays a dévoilé des abus massifs concernant les cotisations collectées auprès des parents et tuteurs, qui sont censées financer le développement de l’infrastructure de l’éducation. A ce jour, 1800 écoles (18%) ont été auditées et on a trouvé des preuves de falsification massive des registres comptables des écoles