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La malhonnêteté académique, y compris la fraude aux thèses, est en hausse dans les universités africaines. Seuls 24 pays africains sur 54 disposent de dépôts institutionnels. L’absence de tels dépôts est une opportunité pour les étudiants de frauder en plagiant sans scrupule des travaux déjà soumis et qui ne sont pas numérisés. Selon un professeur ougandais, l'une des façons d'éliminer le plagiat est d'établir un processus rigoureux tout au long de la rédaction et de la soutenance de la thèse. Le président de l'Union des étudiants d'Afrique australe estime que le versement de salaires décents aux enseignants entraînera une diminution du nombre de personnes se livrant à l'écriture fantôme pour les étudiants.

Un collectif d'universitaires algériens attire l'attention sur les problèmes qui rongent les universités algériennes : violence, favoritisme, complaisance et recrutements basés sur des critères de loyauté et non de compétence. Selon l'un des membres du collectif, « l’absence de mérite, l'intrusion du politique dans la science et la prééminence de l'administratif sur le pédagogique, la corruption, la censure ont pris le dessus dans le milieu universitaire ».

Le directeur de l'agence Future Gate a été condamné à sept ans de prison et à une amende de 7 millions de dinars (environ 50 000 dollars) pour avoir escroqué 75 étudiants algériens qui souhaitaient s'inscrire dans des universités étrangères, notamment en Ukraine, en Turquie et en Russie. Malgré les importantes sommes d'argent versées par les étudiants à l'Agence, les conditions d'hébergement étaient misérables et leurs demandes d'inscription à l'université falsifiées. Cinq autres personnes (dont trois influenceurs) poursuivies dans la même affaire, ont été condamnées à un an de prison et à une amende de 100 000 dinars (environ 700 dollars) chacune.