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La malhonnêteté académique, y compris la fraude aux thèses, est en hausse dans les universités africaines. Seuls 24 pays africains sur 54 disposent de dépôts institutionnels. L’absence de tels dépôts est une opportunité pour les étudiants de frauder en plagiant sans scrupule des travaux déjà soumis et qui ne sont pas numérisés. Selon un professeur ougandais, l'une des façons d'éliminer le plagiat est d'établir un processus rigoureux tout au long de la rédaction et de la soutenance de la thèse. Le président de l'Union des étudiants d'Afrique australe estime que le versement de salaires décents aux enseignants entraînera une diminution du nombre de personnes se livrant à l'écriture fantôme pour les étudiants.

On a découvert que des personnes au Kenya, en Tanzanie et en Ouganda achetaient de faux diplômes provenant de toutes sortes d'usines à diplômes et autres fausses universités. Ces universités n'ont pas d'existence physique et fonctionnent seulement à travers des sites web. La plupart des usines à diplômes opèrent depuis la Grande Bretagne ou les Etats-Unis où les normes universitaires sont sensées être très élevées. Récemment, le Bureau fédéral d'investigations à dressé une liste de plus de 10 000 personnes ayant obtenu de faux diplômes provenant d'universités bidons établies aux Etats-Unis. Un nombre significatif d'entre eux provient d'Afrique du Sud, du Kenya et du Nigeria. Actuellement, il y a environ 80 usines à diplômes connues qui opèrent depuis les Etats-Unis et la Grande Bretagne.