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La corruption et l'impunité dans le système universitaire nigérian ont eu un impact négatif sur la gouvernance des établissements d’enseignement supérieur fédéraux et sur la qualité de l'éducation reçue par les étudiants. Dans un rapport récent, le Socio-Economic Rights and Accountability Project a déclaré que diverses allégations de corruption dans les universités fédérales (allant de l'attribution injuste de diplômes à l'inflation des contrats, à la réduction des salaires du personnel, à l'emploi de personnel non qualifié et au harcèlement sexuel) sont désormais largement répandues, et que la plupart des structures abritant les différentes facultés et départements de ces institutions est mal entretenu.

Le vice-chancelier de l'université d'Egerton et huit membres du conseil de l'université ont été condamnés à 30 jours de prison pour n'avoir pas exécuté une décision de justice leur ordonnant de verser aux enseignants l’intégralité de leurs salaires. Le chapitre du syndicat du personnel académique de l'université d'Egerton (UASU) avait déposé une plainte pour outrage après que l'université eut imposé une réduction de 40 % des salaires en 2020, mesure présentée comme provisoire à l'arrivée de la pandémie de COVID-19. Le Conseil n'avait toutefois pas pu démontrer la nécessité de cette mesure.

Un nouveau rapport de la Commission des services de l'éducation (ESC) a révélé que depuis 2003, 1 000 enseignants fictifs figurent sur les listes de paie du gouvernement. Plus de 600 « enseignants fantômes » de diverses écoles secondaires et institutions tertiaires ont intégré la masse salariale de ces dernières grâce à de fausses lettres de nomination signées par des fonctionnaires, tandis que 400 enseignants n'avaient pas de licence d'exercice. Le rapport indique que, dans quelques écoles, les enseignants nommés sous-traitaient leurs tâches à des enseignants privés.

La malhonnêteté académique, y compris la fraude aux thèses, est en hausse dans les universités africaines. Seuls 24 pays africains sur 54 disposent de dépôts institutionnels. L’absence de tels dépôts est une opportunité pour les étudiants de frauder en plagiant sans scrupule des travaux déjà soumis et qui ne sont pas numérisés. Selon un professeur ougandais, l'une des façons d'éliminer le plagiat est d'établir un processus rigoureux tout au long de la rédaction et de la soutenance de la thèse. Le président de l'Union des étudiants d'Afrique australe estime que le versement de salaires décents aux enseignants entraînera une diminution du nombre de personnes se livrant à l'écriture fantôme pour les étudiants.

La commission anti-corruption a accusé cinq membres et un directeur exécutif du conseil d'administration de la North South University (NSU) d'abus de pouvoir, mais également d'avoir augmenté leurs indemnités jusqu'à dix fois le montant autorisé et acheté des voitures de luxe aux frais des étudiants. Pendant plus d'une décennie, la NSU a proposé plusieurs programmes de licence en administration des affaires sans l'approbation de la Commission des subventions universitaires. Selon un enquêteur, alors que la NSU était autorisée à inscrire 50 étudiants dans des programmes de BBA approuvés, elle en a inscrit environ 2 700 en un semestre.

Une enquête menée en 2021 par le ministère de l'Éducation et de la Culture a révélé que 77 % des enseignants indonésiens avaient connaissance de cas de harcèlement sexuel au sein de leurs universités, mais que 63 % d'entre eux choisissaient de ne pas les signaler à la police ou à d'autres institutions compétentes. Seules 49 universités sur 122 ont mis en place des groupes de travail contre le harcèlement sexuel impliquant le personnel administratif, les professeurs et les étudiants. Les sanctions légales prévues comprennent des pénalités financières pour les établissements qui ne préviennent pas les violences sexuelles, et le renvoi ou l'expulsion des auteurs.

A report on the University of Lagos (UNILAG) by the Presidential Visitation Panel, which is investigating the affairs of UNILAG between 2016 and 2020, has revealed that two of the states of the Federation of Nigeria, namely Lagos and Ogun, lost NGN2.9 billion (US$7 million) due to gross under-deduction of staff salaries over five years by the institution. The seven-member panel detected cases of contract splitting and frivolous contract awards.

Le directeur de l’université chrétienne du Rwanda, fermée depuis, par ailleurs ancien Premier ministre, a été condamné à trois ans de prison et à une amende de 892,2 millions de francs rwandais (907 000 dollars) pour avoir signé des chèques en bois et ne pas avoir rémunéré le personnel enseignant et administratif. Le Rwanda Investigation Bureau a également arrêté l’ancien vice-recteur de l’université de Kibungo soupçonné de népotisme et de mauvaise gestion des finances de l’établissement.