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Selon une enquête menée par Education Sub-Saharan Africa (ESSA), la plupart des universités d'Afrique de l'Est ont eu du mal à garantir l'intégrité des examens administrés en ligne pendant la pandémie du COVID-19. Le chef de l’enquête de l'ESSA rapporte que des étudiants ont utilisé du matériel interdit pendant les examens ou ont enfreint les règles d'examen de l'université. L’Ouganda et le Kenya étaient les pays avec le plus grand nombre d'universités en difficulté, respectivement 31 % et 27 %.

La malhonnêteté académique, y compris la fraude aux thèses, est en hausse dans les universités africaines. Seuls 24 pays africains sur 54 disposent de dépôts institutionnels. L’absence de tels dépôts est une opportunité pour les étudiants de frauder en plagiant sans scrupule des travaux déjà soumis et qui ne sont pas numérisés. Selon un professeur ougandais, l'une des façons d'éliminer le plagiat est d'établir un processus rigoureux tout au long de la rédaction et de la soutenance de la thèse. Le président de l'Union des étudiants d'Afrique australe estime que le versement de salaires décents aux enseignants entraînera une diminution du nombre de personnes se livrant à l'écriture fantôme pour les étudiants.