El Sindicato de Personal Académico Universitario de Kenia (UASU) ha amenazado con ir a la corte si el Ministerio de Educación no toma acción inmediata ante las instituciones de educación superior del país, que han sido reportadas por ilegalmente hacer descuentos de los salarios de sus empleados sin remitir las deducciones a las instituciones pertinentes. El mes pasado, el Ministerio de Educación dio a conocer un informe de auditoría mostrando que algunas universidades públicas del país estaban descontando billones de chelines de los salarios de sus empleados y no reportaban el dinero regularmente a las instituciones correspondientes. El total de los descuentos salariales ilegales es aproximadamente de US$100 millones.

Un nuevo reporte ha descubierto irregularidades masivas en la adquisición de libros de textos para escuelas públicas, con directores jugando un papel importante en el problema. El fraude abarca desde firmas falsificadas, entrega de libros fantasmas, y comités escolares que seleccionan materiales de instrucción a proveedores únicos y sobrevalorados. El Gabinete del Secretario de Educación, recientemente dijo, que a pesar de que el gobierno destinó Sh10 billones para libros desde hace tres años, la mayoría de las escuelas no contaban con los materiales. Calculando, que, la proporción de libros por estudiante es de 5 a 1 en las escuelas primarias.