Des problèmes de favoritisme, de népotisme et de corruption ont été constatés au ministère de l’Éducation, qui fait l’objet d’audits de performance axés sur sa conformité aux directives du gouvernement en matière d’acquisitions et sur sa gestion des contrats. Selon le chef de l’opposition, les accusations portent sur l’abus de fonds publics et sur les « connexions politiques » de certaines personnes qui ont été employées au ministère en qualité de conseillers, sans toutefois travailler.

Afin de lutter contre la corruption et d’empêcher les établissements privés de former des ententes , la Cour Suprême du Pakistan a plafonné l’augmentation des frais scolaire à 5 % par an. De nombreux directeurs d’écoles privées ont conservé l’argent donné par les parents comme dépôts de garantie et frais d’admission pour augmenter les bénéfices de leur établissement. Le rapport d’un commissaire aux compte a mis en avant le fait que malgré leurs bons salaires, certains enseignants des écoles publiques ne fournissent pas le travail demandé, tandis les écoles privées où les payes sont inférieures obtiennent de meilleurs résultats.

Un ancien préposé aux finances de l’établissement est accusé d’avoir détourné 859 000 dollars de fonds appartenant au conseil des étudiants d’Esperanza High School. Les contrôleurs de la Cour des comptes auraient retrouvé 270 chèques libellés à l’ordre de cet employé chargé de vérifier les comptes et d’autres destinés à des membres de sa famille. Selon leurs dossiers, le montant de l’escroquerie, qui a duré de 2005 à 2011, s’élèverait à plus de 1,5 million de dollars.