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Selon une enquête menée par Education Sub-Saharan Africa (ESSA), la plupart des universités d'Afrique de l'Est ont eu du mal à garantir l'intégrité des examens administrés en ligne pendant la pandémie du COVID-19. Le chef de l’enquête de l'ESSA rapporte que des étudiants ont utilisé du matériel interdit pendant les examens ou ont enfreint les règles d'examen de l'université. L’Ouganda et le Kenya étaient les pays avec le plus grand nombre d'universités en difficulté, respectivement 31 % et 27 %.

Le ministère rwandais de l'Éducation (MINEDUC) a ordonné la fermeture provisoire du Rwanda Polytechnic Regional College de Kigali, afin d'enquêter sur des cas graves de vol (des équipements auraient disparu de l’établissement) et de détournement de ressources publiques. Des hauts fonctionnaires et plusieurs employés impliqués dans la gestion de l'institution ont été interrogés et arrêtés.

Selon un rapport de TI Rwanda, les étudiantes se voient demander des faveurs sexuelles en échange de notes et sont souvent victimes de corruption sexiste lors de la rédaction de leurs mémoires. Le rapport révèle que le harcèlement sexuel dans les universités est toujours répandu et comprend des propos sexuellement suggestifs, des extorsions sexuelles par les supérieurs et des pressions pour obtenir des faveurs sexuelles en échange d'opportunités. Il est conseillé aux structures dirigeantes des universités de mettre en place des mesures permettant d'identifier et de sanctionner tout problème lié au genre et de protéger les informateurs lorsque des cas se présentent.

Après l’arrestation d’un maître de conférences de l’Université de Kigali, accusé d’avoir falsifié des documents universitaires, le Conseil de l’enseignement supérieur (CES) du Rwanda a décidé de ne plus reconnaître les diplômes de doctorat obtenus auprès de l’Atlantic International University des États-Unis. En effet, bien que l’université dispose d’une accréditation d’une agence éducative internationale indépendante basée au Royaume-Uni, celle-ci n’est pas jugée valable par le CES car il ne s’agit pas d’une agence gouvernementale chargée de l’accréditation au Royaume-Uni ou ailleurs.

Plus de 100 étudiants de l’université privée KIM à Kigali (Rwanda) se sont vu refuser l’obtention de leur diplôme en juillet 2021 après que les autorités ont découvert qu’ils avaient modifié leurs notes dans le système informatique de l’université. Selon la commission d’enquête du Rwanda, les suspects sont accusés d’avoir falsifié des documents et encourent 5 à 7 ans de prison ainsi que des amendes de 3 à 5 millions de francs rwandais (environ 5 000 dollars US).

L’Université de l’énergie et des ressources naturelles du Ghana et l’Université du Rwanda ont été les seules universités publiques d’Afrique à faire paraître des rapports contenant des informations sur la structure de l’université, le nombre et les qualifications du personnel universitaire et administratif, ou encore le nombre total d’inscrits et de diplômés. Ces rapports sont un modèle que les universités devraient adopter ; ils permettent de promouvoir la transparence, l’intégrité et la responsabilité auprès des enseignants, du personnel, des élèves et de la communauté de l’université.

Le directeur de l’université chrétienne du Rwanda, fermée depuis, par ailleurs ancien Premier ministre, a été condamné à trois ans de prison et à une amende de 892,2 millions de francs rwandais (907 000 dollars) pour avoir signé des chèques en bois et ne pas avoir rémunéré le personnel enseignant et administratif. Le Rwanda Investigation Bureau a également arrêté l’ancien vice-recteur de l’université de Kibungo soupçonné de népotisme et de mauvaise gestion des finances de l’établissement.

Un vice-président d’université et un ancien Premier ministre rwandais ont été accusés de népotisme et de mauvaise gestion des finances universitaires. Le ministère de l’Éducation a fermé à compter du 1er juillet 2020 trois universités privées qui ne répondait pas aux normes de qualité de l’éducation et qui n’ont pas payé leur personnel, alors même que des règles strictes obligeaient les étudiants à payer les frais avant leur admission. Le Conseil de l’enseignement supérieur continuera d’examiner les établissements à intervalles réguliers et prendra les mesures qui s’imposent à l’encontre des universités dans lesquelles des cas similaires sont constatés d’ici à la rentrée de septembre.

Au Rwanda, les affaires de plagiat dans les universités sont en baisse. Les étudiants sont désormais tenus de soumettre leurs travaux et thèses à l’examen d’un logiciel anti-plagiat, Turnitin, avant de les présenter à l’examen de fin d’année. Un travail ne doit pas contenir plus de 15 % d’occurrences assimilées à du plagiat, au risque sinon pour l’étudiant d’être disqualifié et privé de diplôme.